王瓊萍 上海交通大學(xué)
在將近二十年左右的時(shí)間里，畜牧人才對于豬遺傳圖譜的研究以及候選基因的研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)很多有效基因及性狀調(diào)控信息。數(shù)量性狀基因座（quantitative trait locus, QTL），是影響數(shù)量性狀的一個(gè)染色體片段，而不一定是一個(gè)單個(gè)基因座。近年來現(xiàn)代分子遺傳學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展，為動物育種從數(shù)量性狀的表型操作深入到基因型操作奠定了基礎(chǔ)。QTL 定位就是利用已構(gòu)建的物理圖譜或遺傳圖譜，采用連鎖分析，分析基因組大量存在的微衛(wèi)星標(biāo)記或 SNP，最后定位到影響數(shù)量性狀變異的染色體區(qū)段或者是功能基因。許多科學(xué)家利用遺傳圖譜的方法定位 QTL 在豬基因組上的位置。數(shù)量性狀基因座（QTL）定位開展至今，對豬遺傳育種改良所做的貢獻(xiàn)不容小覷。最早在豬上大規(guī)模定位的 QTL 就是采用這種方法定位了位于四號染色體上的關(guān)于脂肪沉積、生長速率等數(shù)量性狀的 QTL。經(jīng)過這些大量的影響經(jīng)濟(jì)性狀的基因座的定位，我們就可以對其進(jìn)行詳盡的研究從而使這些性狀向我們可控制的方向發(fā)展。借助分子標(biāo)記，對目標(biāo)性狀進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇，從而操縱數(shù)量性狀表現(xiàn)型深入到操縱基因型，實(shí)現(xiàn)標(biāo)記輔助育種。
分子標(biāo)記從最初的 RFLP、發(fā)展到微衛(wèi)星標(biāo)記，而現(xiàn)在運(yùn)用的最廣范的就是單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism, SNP）。SNP 主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的 DNA 序列多態(tài)性，在人類遺傳變異中最常見的一種，占所有已知多態(tài)性的90%以上，在人類基因組中，SNP 的密度達(dá)到每 1000～2000bp 有一個(gè) SNP 位點(diǎn)。而豬基因組中，密度可以達(dá)到 300～400bp 有一個(gè) SNP 位點(diǎn)。SNP 除了具有廣泛分布這樣的特點(diǎn)外，還具有微衛(wèi)星等遺傳標(biāo)記不可比擬的穩(wěn)定性及精確性，成為目前被廣泛運(yùn)用的分子標(biāo)記。有些傳統(tǒng)的對 SNP 的檢驗(yàn)已經(jīng)相當(dāng)?shù)某墒?，運(yùn)用較廣的方法如 DNA 測序、單鏈構(gòu)象多態(tài)性（single-strand conformational polymorphism, SSCP）、擴(kuò)增片段長度多態(tài)性（amplifiedfragment length polymorphism, AFLP）、限制性片段長度多態(tài)性（restriction fragmentlengthpolymorphism, RFLP）、等位基因特異的寡聚核苷酸雜交（ASO）等。但是，要實(shí)現(xiàn)自動化、快速及高效檢測，這些方法是不足以滿足我們的要求的?，F(xiàn)在，有許多中等通量及高通量的SNP 分型技術(shù)，如 DNA 芯片技術(shù)、MALDI-TOF 質(zhì)譜法、變性高效液相層析技術(shù)（DHPLC）、以單堿基延伸原理為基礎(chǔ)的 SNaPshot SNP 分型技術(shù)等。這些高通量或中通量的 SNP 檢測技術(shù)的發(fā)展，必將為 SNP 作為可靠性標(biāo)記提供更廣闊的空間。同樣，各個(gè)數(shù)據(jù)庫都有 SNP 庫的儲存。如 NCBI 數(shù)據(jù)庫的 dbSNP、Illumna 公司的豬 SNP60 芯片等。
對于 QTL 定位的研究取得了很大的成就，并且隨著高密度分子標(biāo)記檢測技術(shù)的完善，為這種方法的發(fā)展提供了有力的支持，但是由于其對資源群體要求嚴(yán)格、高成本、需要高密度的分子標(biāo)記外，在近交系中得到的基因效應(yīng)結(jié)果往往不能直接應(yīng)用到商業(yè)育種群或保種群中。
QTL 數(shù)據(jù)庫（http://www.animalgenome.org/QTLdb/faq.html）是第一個(gè)并且是最大的儲存已發(fā)表的畜禽 QTL 信息并且可以支持更新、分析及比較研究的數(shù)據(jù)庫。目前已經(jīng)建立了關(guān)于豬、牛、羊、雞的 QTL 數(shù)據(jù)信息庫。在這里，不僅可以查閱到各個(gè)物種的 QTL 位置及相關(guān)性狀的信息。在關(guān)于豬的 QTL 數(shù)據(jù)庫（PigQTLdb）中，到目前為止儲存了來自 281 篇文獻(xiàn)的 6347 個(gè) QTL 信息，包括了 593 個(gè)不同的性狀。這個(gè)數(shù)據(jù)庫將這些性狀分成了五大類，分別是外部性狀、疾病、肉質(zhì)、生產(chǎn)和繁殖性狀。而五大類里面每個(gè)又分成了許多子類。如生長性狀就屬于生產(chǎn)性狀的四個(gè)子類中的一個(gè)子類。每個(gè) QTL 信息如所屬的染色體位置、QTL 跨度、出版文章等都可以一目了然。
